Es habitual cuando se pretende explicar la evolución de la legislación comunitaria en materia de aguas referirse a la existencia de dos períodos de actividad legislativa diferenciados, aunque ambos derivados de la consideración del agua como un patrimonio que hay que proteger y del reconocimiento del abastecimiento del agua como un servicio de interés general para Europa.
En una primera fase la actividad se centró principalmente en establecer criterios de calidad para aguas de interés socioeconómico: aguas para abastecimiento urbano, de baño, para la pesca, o para la cría de moluscos.
Y en otra fase la mayor preocupación fue entender las fuentes de contaminación en su origen: aguas residuales o contaminación de nitratos por actividades agrarias.
Estos dos periodos provocaron que desde la década de los 70 se avanzase hacia una gran dispersión normativa en materia de protección y mejora del medio acuático, demostrando apreciables diferencias en la percepción de los problemas.
Lo que quedó demostrado desde los inicios es la tendencia a un aumento continuo de la presión sobre el medio hídrico, provocada por los niveles insostenibles de detracción de agua para todos los tipos de uso y por las fuentes de contaminación difusa difíciles de controlar. Esto hace necesario que la protección del recurso hídrico tenga que ser planificada no solo como una medida puntual, si no también como un proyecto a largo plazo.
Estas premisas y problemas detectados son el detonante de la adopción por parte del Consejo de unas conclusiones en las que, entre otras, se exigía la elaboración de una nueva Directiva Marco que estableciera los principios básicos de una política sostenible en materia de aguas, superando el carácter disperso y desestructurado existente.
Los años 1995 y 1996 resultaron transcendentes, pues se marcaron hitos muy importantes en el avance hacia un objetivo final, como la propuesta relativa a las aguas subterráneas o al reconocimiento de la importancia de los humedales en la protección de los recursos hídricos.
En el año 1997 la Comisión presentó una propuesta de Directiva Marco, en la que se propugnaba una visión integradora, con cabida para las normas existentes y la que se elaboren en un futuro, lo que supondría la derogación o modificación de varias directivas vigentes.
El proceso de elaboración concluyó en el año 2000 con la publicación y entrada en vigor el 22 de diciembre de la Directiva 2000/60/CE del Parlamento Europeo y del Consejo, de 23 de octubre de 2000 por lo que se establece un marco comunitario de actuación en el ámbito de la política de aguas.